查尔斯(安东尼·霍普金斯 Anthony Hopkins 饰)是一个腰缠万贯的百万富翁,对于他来说,金钱、权利和女人不过是生活的基本配置而已。但是,在为查尔斯打工的摄影师罗伯特(亚历克·鲍德温 Alec Baldwin 饰)眼里,老板所拥有的一切,尤其是他年轻的妻子米琪(艾拉·麦克弗森 Elle Macpherson 饰)都让他感到十分眼红,但是,罗伯特不知道的是,敏感又细心的查尔斯早就开始怀疑起了他和米琪之间的清白。
在一次工作中,众人乘坐的飞机发生了事故,一行人流落到了阿拉斯加的荒原之上。匮乏的资源,恶劣的天气,凶恶的野生动物,一切的一切都威胁着大家的性命,但最最可怕的,其实是每个人深藏在心底的黑暗面。。1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...。