2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。守村悠季(高崎翔太饰)是富士见市民交响乐团的首席小提琴演奏家,虽然他所在的只是一个非专业乐团,但是悠季始终有着乐团领导者的骄傲与自豪。某天,艺术大学留学归来的美男子指挥家桐之院圭(新井裕介饰)加入乐团。悠季对这个初来乍到的年轻人充满不屑和敌意,可是他很快发现,圭的加入让乐团的演奏水平得到显著提高。即便如此,悠季对圭的许多做法仍抱有成见,甚至提出退团的申请。面对这个愤怒的演奏家,圭想尽一切办法挽留悠季,他的心中也埋藏着诸多鲜为人知的秘密,而他与悠季的关系又将何去何从? 本片根据秋月こお累计销售超过400万册的人气BL小说改编。。