1971年时,邪恶的修卡组织命令科学家百濑龙之介做实验,将人类改造成怪物。龙之介不愿再助纣为虐,于是修卡组织利用龙之介释放出恶魔迪亚波罗后,将其流放至宇宙,龙之介意外通过黑洞穿梭至2071年的未来世界,发现那时世界已经由恶魔迪亚波罗掌控,为了拯救世界,他使用回旋加速驱动器来到了2021年,打算与自己的儿子秀夫合作,对抗迪亚波罗。但秀夫不愿原谅抛妻弃子的父亲,局面陷入了僵持。五十岚一辉、神山飞羽真、狩崎还有各位假面骑士,纷纷挺身而出对抗邪恶势力。秀夫最终也被亲情感化,原谅了父亲龙之介,父子俩成功变身为假面骑士世纪。各位骑士穿梭于未来与现在,为了守护世界而战,迪亚波罗最终被消灭,龙之介与秀夫间也不再有隔阂。。孤儿瑞佐从小被一个名叫奥祖奴的神秘集团所收养,并被训练成为一位武功极高的刺客。因为自己的好朋友被奥祖奴集团残忍杀害,原本就已经厌倦杀人生涯的瑞佐,就此下决心脱离集团,随后隐藏起来,等待时机为朋友报仇。
欧洲探员米卡在调查一系列政治谋杀案件时,发现案情似乎与一群来自远东的刺客有关。随后她违抗上司的命令,偷偷查找了秘密档案文件,了解了凶案背后的真相。为此奥祖奴集团派出一队杀手,打算杀人灭口。就在紧急关头,瑞佐救下了米卡,两人决定共同对付奥祖奴集团,将其彻底摧毁,就在欧洲的街道上,上演了一场猫鼠游戏……。