太空探测器发出的怪声导致地球风暴,并面临自毁的威胁。寇克船长和他们的船员再度担负起拯救人类的使命。他们发现怪声其实是座头鲸的呼唤,唯一的选择就是回到20世纪去带回一只座头鲸来对探测器作出回应。。第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。某市发生儿童尸体内脏不翼而飞的事件,自由记者兼石庄太(和田聪宏 饰)为调查真相蹲守医院,经亲眼见证儿童尸体死而复生的惊人场面。在搜集线索时,兼石偶然得知附近的丙村35年前曾发生儿童集体失踪的事件。直觉让兼石相信,丙村的失踪案与当下的内脏案有直接联系,于是他和镇公所的女职员香坂(真木よう子 饰)动身前往该村调查。
但他们的调查并不顺利,对于当年的事件村民三缄其口。然而随着当年失踪的两个儿童以35年前的模样再次出现村中时,兼石才渐渐了解村民竭力隐藏的惊天秘密……。