雨夜,某市外经贸委副主任李兆被发现死在家中,死因是头部和心脏遭到枪击。知情者周冰倩报了案,刑警大队长罗大任得知后立刻赶到案发现场。从现场看李兆是自杀, 与此同时,与李兆同住一楼的“青山工程”工程师付工突发心脏病入院,在围观的人群中,罗大任认出了酒吧女服务员夏姗姗,夏不自然的表情引起了罗的怀疑。 罗大任和李兆二十年前曾在同一部队,并有生死之交。出于对死者的感情和对案发现场的分析,罗坚持认为他杀,而省公安厅处长胡建林则认为李兆和该市“青山工程”泄密有关,认为李兆是自杀,两人发生激烈冲突,于是带领各自的人马分头调查。夏姗姗被歹徒孙彪绑架,被警察解救后却不愿说出事实真相。孙彪被警察抓住后坦白地说,夏姗姗的干姐--歌星梅玫手里有一个箱子,内装日本人解放前在东北发行的股票,价值几百万美金,而梅玫被人杀害后,箱子的下落不明,孙彪劫持夏姗姗...。位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人,其中约8成是学生的这座都市中,实施着超能力开发的特殊课程,学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻,也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力,就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”,而被评价为名落孙山的“无能力”,过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活,由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始,上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方,在惊险地解决双方事件的过程中,他的人际关系也逐步扩展。之后,魔法一方的十字教最大宗派罗马正教,终于注意到上条的存在……。
如同呼应魔法方一般,科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联,而使命运大为改变的“英雄”们。
他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
科学与魔法第三次交织之时,故事将大幅推进!!。银行新开了隐私保险箱业务,其中有三个箱子无人认领,银行派出职员调查三个箱子的主人,发现箱子里分别放着头发,身份证,书信,而且每个箱子藏着一段过往的秘密,最后秘密中的忏悔和愧疚在宽容里化解。。