2048年,灵云系统作为“智能脑大众化应用”的首例,在蜃泉市城市范围内试用。当日灵云系统发布会的事故引发了其创始人周童,赵飞白以及儿时挚友阿依古丽,艾孜买提之间的理念情感纠葛。为达成自己的目的,周童将赵飞白,阿依古丽和艾孜买提的“脑意识”被封闭在灵云系统内的沙盒空间,却无意间触发了系统的“初始智能AI”------露可可的启动。一切皆联系于当年四人记忆中的“印迹”游戏,一场以“人心羁绊”为代码的智能危机在现实和虚拟世界之间展开。。一群疯狂的科学家,为了自己的梦想,研制出一套只需要少许基因便可复制出宠物小精灵的机器,并把发掘到的世界最强宠物小精灵——梦幻的睫毛,复制成了拥有比梦幻更强能力的——超梦。但当超梦醒来后,却因无法找寻到真正的自我而暴走,将岛屿上的研究所夷为平地。
这时候,火箭队的老大出现在超梦的面前,用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事,但没过多少时间,超梦再次对自我感到迷茫,也彻底对利用他的人类感到失望,爆炸在火箭队老大基地又一次出现,超梦也离去了,回到那个复制它的岛屿,决定开始它的复仇之战。
另一方,正在草原野餐的小智一行,也迎来了他们新的故事……。