故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天,因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样,被人称为“宙人”。他对人类充满好奇,积极地接触这些陌生的生命体。
当神秘巨型生物接连出现时,尘封的记忆碎片被唤醒,宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁,强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼,与怪兽作战。
随着故事推进,来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。。当鲨鱼科学家瑞恩·约翰逊(Ryan Johnson, 海洋生物学家)拍摄到座头鲸被大白鲨袭击并淹死时,一次常规的无人机调查变得致命。 这种前所未见的行为导致约翰逊一生都在研究的生物的视角发生了彻底的转变,促使他跟随座头鲸迁徙并绘制可能使它们易受伤害的地方。。