故事发正在1985年,二十岁出头的Denise成了市警察局的女警,与性别歧视作斗争,完全不理会母亲对她就业方向的不满。她被分配协助年轻帅气的便衣警探Ray Deans (Richard Coyle饰演)。在一次抓捕行动中Denise头部受创,住进了医院。在医院里,她结识了十五岁的女孩Amy Reid (Eloise Smyth饰演)。她是从布里克斯顿一家叫Subotica的酒吧里被送进医院的。她被门禁森严的父亲从酒吧里疯狂地拽了出来。Denise万分同情这个小姑娘,但她们的促膝长谈因护士到来而中断,护士通知Denise去做检查。回到急救病房,Denise失望地发现小姑娘已经出院了。某日凌晨时分,Ray 开车送Denise回家,恰巧路过了一个命案现场 – 一个小女孩被发现横尸小巷中,这个小女孩正是Amy。Denise自觉女孩的死自己有责任,决心查清真相...。2002年冬天,横浜大桥突然被战斗机炸毁,媒体虽然报导此为自卫队战机所为,但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤(大林隆介 配音)队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年,日本陆上自卫队的机器人 小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云(榊原良子 配音)原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰,处于戒严状态的东京面临着大骚乱,人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下,后藤(大林隆介 配音)和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉(富永美伊奈 配音)、篠原(古川登志夫 配音)等特车二课原来的成员们,启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地……
本片是押井守导演推出了《机动警察PATLABOR》的第二部剧场版。。