E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机,帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内,日本这个国家不复存在,从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地,饱受歧视,心中满是愤懑和不甘。2017年,E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进,但遭到帝国军队的围困,面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔(坂本真绫 配音)将旧日本青年组成非正规军W Zero部队,并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线,他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后,W Zero部队的中尉日向瑛斗(入野自由 配音)成功完成任务。
而战争还远远未曾结束,新的阴谋与危机浮出水面……。金山酒家生意惨淡,老板推出的龙虾无人问津。于是登出马克思座谈会在金山酒家举办的消息,各派人士纷涌而来。交锋过后,酒店一片狼藉,老板感到非常后悔。。身分是豆腐店的儿子、在加油站打工的高中3年级的学生藤原拓海。此时在他周遭有着不寻常的骚动。传说前一阵子秋名山・山顶下坡路段的甩尾胜负中,赤城Red suns的No.2高桥启介所驾驶最新锐的黄色RX-7,被一台神秘的熊猫配色AE86(通称86)轻易地超车。事实上,两台的性能差在200马力以上。其令人难以置信的速度,就连被超车的启介也认为难道是秋名的幽灵吗。不久,赤城Red suns在秋名山上集结,对着目击了那场胜负的秋名高速之星的队长池谷提出交流赛的邀约,然而对战对手竟指名要86。。