1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...。在神秘的阿鲁普斯雪山上,K大学登山部的几名成员离奇失踪。为了寻找同伴,登山部其他成员在搜查主任(千葉一郎 饰)的带领下进入山中寻找遇难者,经历了无数艰难险阻,然而真正的磨难还等在前方。某晚,队员们遭遇了传说中的雪男(相良三四郎 饰),名叫饭岛高志(宝田明 饰)的年轻人紧紧追赶,却被靠捕捉动物牟取暴利的大场(小杉義男 饰)一伙推落山崖。饭岛得到原始部落女孩知花(根岸明美 饰)的救助,然而又被蒙昧的村民吊在悬崖之间。以此为机缘,饭岛得以雪男,并对这个长着恐怖丑陋面容的怪物有了新的认识。另一方面,大场则试图捉住雪男大发其财……
本片根据香山滋的科幻小说改编,因涉及原始部落近亲相奸等敏感话题,导致相当长一段时间发行受阻,直到2009年才以各种媒介的形式广泛发行。。