影片讲述一名少女在人类灭绝后,被一个用于构造生命让人类重现于地球、被称为“母亲”的机器人所创造,成为了新一代人类中的第一位,并且与“母亲”保持着独特的关系,然而一名受了伤的陌生人的到来使得这个关系受到动摇,让这名少女对于母亲告诉自己关于外面世界的一切以及母亲的意图产生了怀疑。。在遥远的地方有一个美丽的鸟类王国,但不久这里的宁静就被反对派的叛变打破,丑小鸭的父母为了保护琉璃鸟而神秘失踪。为了解开琉璃鸟的秘密,找到自己的父母,丑小鸭和好朋友丑小八踏上了寻找老猫法师的征程,却不知道危险悄然而至。
在反对派的鼓动下鸟类对人类发动了战争,为了阻止战争的进一步扩大,背负着天大秘密的丑小鸭毅然决然的登上了琉璃塔,前方等待他的将会是什么……。