2013年,瑞士的原子核研究机构“CERN”—— 在希格斯玻色子这一发现的暗影之下,某个秘密计划启动了。 这一计划的名称是“Niantic计划”。 其目的是研究干涉人类精神的未知物质。 被称为“奇异物质(XM)”的这种物质, 自古以来就感应着人们的精神及能力,甚至给人类的历史带来了极大的影响。 世界各国的机关暗中进行着这项研究。 XM被视为人类的希望或是威胁, 大国及巨大企业为此而爆发了争夺战。 接受XM的力量,并准备将其利用于人类进化的“启蒙军”。 将XM视为威胁,并准备控制它的“反抗军”。 世界划分为这两大阵营,至今仍在持续着争斗。 在这个世界发生的争斗背后,正是XM的存在。 之后,2018年——。 以东京和世界为舞台,围绕着XM的新战斗开幕。 将动画、在线位置信息游戏以及现实连结起来, 从未体验过的全新“增强现实娱乐”开始了。 。。故事发生在东京八丈岛近海,一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网,来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……
与此同时,柯南一行人前往八丈岛观鲸,途中柯南接到冲矢昴(赤井秀一)的电话,被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时,一桩案件突然发生!一名女工程师被黑暗组织绑架,她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中!
此时,水下传来未知潜水艇逼近的声音,令人毛骨悚然,一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……。