单纯可爱的根本加穗子(高畑充希饰)虽然已经是一名即将毕业的22岁女大学生,但是她几乎是在父母过度的呵护下长大的。每天早上,她需要母亲(黑木瞳饰)帮忙叫早、挑选衣服,母女俩几乎融为一体。与此同时,加穗子的父亲(时任三郎饰)对此感到困扰,可当他看到女儿公主般甜美笑容之时,也不觉内心开始融化,宠溺起女儿来了。然而站在人生十字路口,加上周围人的劝导,加穗子似乎再也不能闷头待在自己的安乐窝中了。她尝试寻找工作,也尝试了解人们的所感所想。 对她来说,眼前是一个完全陌生、充满挑战而又极具吸引力的世界……。自西元20XX年,人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后,便开始对它进行研究,后来有人重建出来所谓的“神之语言”,并建立电脑程式以启动原始索哈尔,进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验,但很不幸地,从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移,使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”,人类因而被迫逃亡,离开地球。 到了四千年多后,在故事开始前十五的T.C.4753年,米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件,在此次事件当中,米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击,并在冲突事件后消失,但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后,启动原始索哈尔(后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体,因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔)所需的神之...。