2013年全国两会
25 年前
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由于莱克斯·卢瑟(乔恩·克莱尔 Jon Cryer 饰)在临死之前向自己的妹妹莉娜·卢瑟(凯蒂·麦克格雷斯 Katie McGrath 饰)告知了卡拉·丹弗斯(梅莉莎·班诺伊 Melissa Benoist 饰)其实就是超级少女的事实，于是觉得被自己的好友长期欺骗的莉娜便下定决心对其展开报复。 与此同时，一个名为“利维坦”的神秘外星组织也在渐渐地向纳新诺市展开了威胁......。在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。
三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……。