卢卡斯跟妻子萨拉感情很好,突然有一天萨拉消失了,在午夜前的短短15分钟连同自己的行李都消失了。卢卡斯醒来之后发现妻子不见了,他开始出现幻觉:卢卡斯被困在一个似乎毫无止境的平行世界怪圈之中,在一个世界里有他的妻子萨拉,在另一个世界里他还和另一个女人娜拉有关系。他的世界开始崩塌,越变越糟,还被一群“知情者”追杀,这一切仅仅围绕着他,他开始明白这些事情的关键就在于11点45分,午夜前的十五分钟。卢卡斯开始穿梭在不同的时空中,每个时空的时间都不同。他见到了过去的自己和未来的自己。他自己开始变得慌乱,他也不知道哪一个自己才是最真实的。他担心自己回不到现实中,他另一边还在担心自己失踪的妻子。一番挣扎后,卢卡斯最终克服了时空的界限,解救了自己的妻子。。这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天,隶属陆军机密部队501机关的真室中佐(宫内敦士 配音)在闹市街头被人杀害,此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身,他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜,试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅(塾一久 配音)与生化人草薙素子(坂本真绫 配音)在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人,此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知,棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后,她受到荒卷委托展开调查,并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特(松田健一郎 配音)和时为新滨县刑警的陀古萨(新垣樽助 配音)邂逅。扑朔迷离的案情,草薙一行被引向未知的彼方……
本片根据士郎正宗的原作改编。。