秋穗巧的妻子槚田泠一年前去世,便和6岁的儿子佑司过着相依为命的日子。妻子临终前跟他们说,翌年的雨季便会跟着雨点回来看他们。儿子深信母亲会在这个时候回来他们的身边,虽然秋穗巧知道这是一件很荒唐的事,却不忍心向儿子说。
雨季如期而至,父子竟然真的迎来了“重生”的泠,泠虽然失去了所有的记忆,就连自己的身份都不清楚,但她还是像以前一样无微不至的照顾父子俩。可雨不能总是下,雨季也有了结束的一天……。卡勒姆·林奇(迈克尔·法斯宾德 饰)在死刑即将执行之前清醒过来,发现他被索菲娅(玛丽昂·歌迪亚 饰)选中,来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆,被绑在机器上之后,卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔,他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦(杰瑞米·艾恩斯 饰)施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落,威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨(迈克尔·威廉姆斯 饰)暗示了卡勒姆·林奇,提醒他艾伦有可能动机不纯之后,卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机,而人类自由意志的命运也变得悬而未决……。