前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价,终于打败了恐龙帝国,但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。。位于加拿大的深山老林,背负着永生之苦的“金刚狼”罗根隐居于此。在一次与猎人的冲突中,他得到雪绪的帮助。雪绪是罗根二战期间的旧相识矢志田派来的下属,似乎不久于人世的老友渴望死去之间再见罗根一面。跨越重洋的罗根终于见到在虚弱的矢志田,对方希望他能够保护自己的孙女真理子。随着老人谢世,葬礼上突然战火点燃。罗根在雪绪的帮助下拼死救出真理子,而矢志田的儿子信玄似乎另有所图。逃亡途中,罗根意外发现他丧失了自愈的能力,金刚狼最大的危机降临……。公元2021年,资料除了透过电脑输送外,还可利用人脑运输。专业运输员尊尼为了运送更多资料,不惜洗去自己的记忆。一次任务中,尊尼被客户输入过量资料,若他不在二十小时内找到输出密码,他便会倒毙。另一方面,日本集团为了夺取他脑内的资料,也对他展开一场大追杀。。