林肯因为公务导致全身瘫痪,他曾是享誉一时的侦探,破案无数,但自从他瘫痪后他便把自己封闭起来。这次,他因为一宗神秘的杀人案,受到了纽约警察的邀请帮忙,刚开始林肯是拒绝邀请的,但看到案情后便对此案产生了兴趣。
纽约最近发生了神秘的碎尸案,凶手还故意留下证据挑战警方。巡逻警艾米利亚在最后一次巡逻中发现了一具被肢解的尸体,可是当她做出一系列大胆的推测的时候,同僚们都不愿理她,认为她不过是名籍籍无名的巡警。
可是艾米利亚的敏感与勇敢受到了林肯的赏识,他要求与这名新手一起突破案件。两人出奇的合作愉快,终于了解到了杀手是有暴力倾向的,而且杀人前都会周密的安排。经过他们的默契又能否成功捉拿变态杀人犯呢?。西元1999年,一顆不明的巨大「流星」墜落在地球上。之後調查證實這其實是一艘外星人的宇宙船,之後世界的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環境所造成的破壞(還得掩蓋掉這個外星船墜落的事實),而組成了統合政府。並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦,命名為「馬克羅斯」(MACROSS,德文「大宇宙」之意)。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂,在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後,在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天,在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射,並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦!事已至如此頓時成了趕鴨子上架,不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰,並讓馬克羅斯升空啟航,以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥,並救起了一位名叫林明美的少女,且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛,卻也開始介入了戰事的發展之中,甚而成為主導後來歷史走向的契機……。