《仁医2》完结篇延续前篇剧情,历史依旧向着既定方向有条不紊的前行,更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁(大泽隆夫 饰)以大夫的身份在江户时代生存了下来,所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲(绫濑遥 饰)的母亲患了当时普遍的脚气病,由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时,坂本龙马(内野圣阳 饰)出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山,竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍,原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后,坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩,促成萨长同盟。
亲历着幕末日本局势的陡然巨变,仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来,他将重新邂逅寻找新生活的野风(中谷美纪 饰),前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。。上杉风太郎(松冈祯丞配音)是就读于高中二年级的平凡男生,唯一的亮点就是学习方面异常的优秀,每次考试都能得到满分。上杉的家境非常的贫穷,欠下了巨额债务,为了还债,上杉不得不开始勤工俭学,受中野一家人的聘用,成为了中野家五姐妹的家庭教师。 有些腹黑的小恶魔中野一花(花泽香菜配音)、个性傲娇厨艺绝佳的中野二乃(竹达彩奈配音)、大大咧咧沉迷于战国时期历史的中野三玖(伊藤美来配音)、非常擅长运动的元气少女中野四叶(佐仓绫音配音)和个性有些要强的傲娇少女中野五月(水濑祈配音),在这五位大小姐的包围下,上杉能够顺利完成自己的教学任务吗?。