传说唐人街是黑社会的天下,各堂口之仇杀事件更不断发生。雷振是唐人街堂口头目,为人正直常制止其他堂口的种种暴行,而与各堂口结下不少仇怨。曹安达是雷的大学同学,又是其他堂口头目,本是好友但因环境有别,便渐成水火。一日曹弟因醉酒在雷堂口之街道闹事,被雷手下枪杀,曹知其弟死讯后,即断定为雷所为,而其他堂口亦加入对付雷,一场血腥大屠杀随即展开……。突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上,而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡,却只是不动生色地观察,仿佛一切早已写入剧本。。