20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。少女艾诺拉·佩妮(Virginia Newcomb 饰)偶然在深夜进入一家破败的歌剧院,乖张吊诡的演员为她表演了六个异乎寻常的故事:《蟾蜍之母》一对美国夫妇来到法国某偏远山镇旅行,在这里结识了一个诡异的老婆婆;《我爱你》德国柏林,走到尽头的婚姻,歇斯底里的偏执男人让他的妻子再也无法忍受着无处不在的狂爱;《梦遗》饱受邪淫梦境困扰的男人,在梦与现实的夹缝中迷失;《事故》真实的死亡对于一个小女孩来说也许过于费解与残酷,然而这就是它真实的原因;《记忆收集》她杀了求死的女人们,她看见并拥有了她们的记忆;《甜食》一度沉浸在甜食和热恋中的情侣,不知不觉走到了情感尽头。。