宁静的九州乡间小镇,生活着平凡的少女岩户铃芽。这天上学路上,她邂逅了神秘的白衣青年宗像草太。草太的言行举止引起了铃芽的好奇,她随着这个青年来到了一处废墟,并看到了一扇在水中央突兀伫立的门。懵懵懂懂,铃芽无意间解开了某个古老封印。在此之后,一场地震突发,而偏偏只有铃芽才能看见地震前发生的诡异现象。随后这个惶恐的女孩才发现,草太原来是有着古老传承的闭门师,他巡游日本各地正式为了阻止更大的灾难发生。
从西日本到东日本,追逐灾难的旅途中,铃芽尘封的记忆也渐渐苏醒……。1937年春,华中日本占领区的福王镇,驻守着一小队日军,名义上控制百姓,实则严守着一个秘密的地下军备库——103号仓的安全,以等侯大部队的军火接应。共军得知该敌情后,派出一名情报员潜入福王镇日军内部探取103号仓讯息。。魔晶学院内战火重燃,暗黑势力再度来袭,魔晶少年团再度集结,他们又将面临一场更加艰巨凶险的挑战。危机面前,魔晶少年团能否再次突破重围,千瑞能否披上魔晶猎人的战袍带领大家化险为夷……。