大学三年级的川倉晴香(新木优子饰)在好友浜崎真希(冈本杏理饰)的推荐下参加了一家企业的实习生招募说明会。在听完企业CEO牧野正幸的演讲后,晴香对这个实习岗位并不感兴趣,正考虑放弃时,真希却帮她提交了申请。在回家的路上,晴香险些遇到了一场交通事故,而这时牧野及时出手救了她。 在床上醒来的牧野发现自己遇到了一个自称死神的人(佐野岳饰),他还看到了自己灵魂出窍的情景。死神告诉他,由于他救了本应因交通事故而死的晴香,他的命运因此改变,变成了要代替晴香死去。为了让两人都能活下去,唯一的方法就是改变晴香的未来。于是,牧野决定附身在真希身上,全力支援晴香的实习生活。然而,晴香对于牧野的支持并不领情,她坚持要凭借自己的力量,却在实习期表现糟糕。。此版《源氏物语 千年之谜》由鹤桥康夫执导,不仅使用CG,还加入动作场面和科幻效果,制作费用高达十亿多日元(折合人民币7千8百多万),于2011年12月10日在日本全国公映。
影片把原著作者紫式部(中谷美纪 饰)身处的平安时期与光源氏(生田斗真 饰)所在天下相交错,两条线 索并行。一个空间中紫式部受藤原道长(东山纪之 饰)任命开始创作《源氏物语》,并与藤原道长发生了爱情牵绊。另一个空间是紫式部创作出的光源氏与藤壶女御(真木阳子 饰)、六条御息所(田中丽奈 饰)、夕颜(芦名星 饰)等众多女性的爱情纠葛。在关闭的创作进程中,紫式部现出了灵魂出窍的状态,与笔下对光源氏陷入苦恋而化为生灵的六条御息所的灵魂重叠。阴阳师安倍晴明(洼冢洋介 饰)发现了这个情况,开始追踪生灵……。