20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。年幼失去母亲且在福利学校长大的克里斯蒂娜,又悲痛重来,她被要求到曼塞拉特接受她父亲的遗嘱。而她到达所要去的城堡的时候,家里其他的成员对她感觉都是那么陌生,他们所做的一切又令他感到难以理解。最后她知道他们都是被诅咒了,她父亲因此自杀,受到邪恶女神的诱导与控制。邪恶女神还利用她父亲对她施行咒语。在这充满诅咒和邪恶的地方,克里斯蒂娜究竟怎样把握自己?是生是死还是靠命运给她定夺?。