2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。憧憬着皇帝,向不败的三连冠冲刺的马娘东海帝皇,以及背负着名家的荣耀,向天皇赏连霸发起挑战的目白麦昆。二人既是对手,也是伙伴,一同向着梦想——「闪光系列赛」的优胜,全力奔跑!。奥森黎(福士苍汰饰)出生在一个并不幸福的家庭之中,母亲(铃木保奈美饰)常年都生活在父亲(堀部圭亮饰)家暴的阴影之下。终于有一天,忍无可忍的奥森黎杀死了父亲,他和母亲一起将父亲的尸体埋葬在了庭院里,并向警方报案生成父亲失踪了。这一起案件始终没能被侦破。 背负着这沉重的秘密,奥森黎度过了7年,7年后,奥森黎的父亲终于获得了法律意义上的死亡宣判,以为从此能够不再心惊胆战的生活的奥森黎决定踏上新的人生,和女友立花爽(川口春奈饰)订了婚。然而,就在奥森黎以为一切都将成为过去之际,一个对他们母子两人的所作所为了如指掌的神秘人浮出了水面。。