几经争战之后,战神联盟在赫尔卡星建立了一座“雷霆守护局”,守护三座圣塔和星球子民。某天赫尔卡星突然出现了一位巨型意外来客,伤害无辜精灵,企图摧毁城市。战神联盟火速集结,在调查幕后真凶的过程中,雷伊与大反派奥古斯塔博士相遇,交战中,雷伊发现了同胞哥哥的遇难之谜,但也中计受伤,被奥古斯塔激发了体内的邪恶力量,陷入痛苦之中,终极一战之际,众战神受召唤雷伊重新崛起,力挽狂澜,击败邪恶,再次守护住了宇宙正义及万众子民的平安。。一群疯狂的科学家,为了自己的梦想,研制出一套只需要少许基因便可复制出宠物小精灵的机器,并把发掘到的世界最强宠物小精灵——梦幻的睫毛,复制成了拥有比梦幻更强能力的——超梦。但当超梦醒来后,却因无法找寻到真正的自我而暴走,将岛屿上的研究所夷为平地。
这时候,火箭队的老大出现在超梦的面前,用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事,但没过多少时间,超梦再次对自我感到迷茫,也彻底对利用他的人类感到失望,爆炸在火箭队老大基地又一次出现,超梦也离去了,回到那个复制它的岛屿,决定开始它的复仇之战。
另一方,正在草原野餐的小智一行,也迎来了他们新的故事……。