时空背景设定在2509年,地球不只与USG石村号(USG Ishimura)和伊萨克.克拉克失去了联系,同时也与派去救援他们的USB欧班农号(USB OBannon)失联。欧班农号上有四名船员存活了下来,但是没有人知道其他成员的下落,也没有人知道他们遇上了什么事情,更没有人知道他们究竟隐藏了什么样的秘密。这一切的一切,全都将透过《余波》来揭晓。没落书生顾省斋(石隽 饰)在小镇经营字画铺“代写书信春联”过活,奉养家中老母,偶然结识了家附近废屯堡新搬来的杨之云(徐枫 饰),与其暗生情愫。恰逢东厂人士欧阳年(田鹏 饰)前来打探,其与附近算命瞎子(白鹰 饰)动手,被顾生与其母遇见,遂将受伤的算命瞎子就近带到杨之云处, 从而得知他们的真正身份——因弹劾宦官魏忠贤而被杖毙的左副都御史杨涟之女杨慧贞;保卫忠良之后的石门樵将军。因二人都被朝廷通缉,东厂追杀,顾生就此在屯堡设下重重计谋,又得高僧慧圆(乔宏 饰)帮助,以期摆脱东厂追兵,逃出生天。
电影根据蒲松龄《聊斋志异》中《侠女》一篇改编。。八年前,一场与超强武器炸弹的案件被隐藏真相,仅存活的人也被送入监狱。这个被囚禁的人是拥有好几个孩子的父亲,孩子们多少都对父亲的处境不理解,觉得父亲做了错事才导致现在让母亲一人抚养这群孩子。八年后,孩子们发现原来父亲拥有超能力,而他们也会不知不觉中产生某种超能力。在一次偶然中,他们发现了父亲真正被捕的原因,孩子们决定揭开事情真相拯救自己的父亲。但是,军队所拥有的权利以及技术是他们无法估计的,他们可以完成自己的使命吗?。