1941年,某夜。时任日本驻南京派遣军最高长官加藤鹰雄(原名:武藤一郎)来到斧头帮(又名:三联帮)头目黄师爷(原名:黄四)开办的民众乐园夜总会参加开业庆典。并向所谓的南京“社会名流”炫耀“剿灭”南京地下党总部的“战绩”。 而此时,在敌人围剿中,唯一幸存的新晋地下党同志沈念初(化名:王一曼),由于失去了与上级组织的联系,只身潜入夜总。期间,一位神秘人暗中告诉王一曼加藤的所在。王一曼乔装成酒水服务员进入加藤的包房。无意间听到了加藤和美国商人比尔正在谈论石油交易的事宜。原来加藤从中国搜罗了十吨黄金存放在东亚银行,准备私下向美国商人购买石油,用于支持战争消耗。。故事发生在一座名叫玻璃浦的海滨小镇上,帝都大学物理学副教授汤川学因公来到此处,入驻了名为“绿岩庄”的旅馆。在旅馆里,汤川结识了名叫恭平的男孩,奇怪的是,平常一接近小孩子就会浑身起疹子的汤川这次竟然安然无恙,这让敏锐的汤川对恭平产生了兴趣。
冢原正次的尸体被发现于岸边的碎石场上,他生前亦是绿岩庄的客人,为了寻找一名叫仙波英俊的杀人犯而来到玻璃浦。尽管冢原的死充满了疑点,但警方依旧判断,这只是一起意外坠落事件。为了调查事件的真相,岸谷美砂随同僚们赶到了玻璃浦,让美砂感到奇怪的是,一向对案件避之而不及的汤川竟然主动请缨要求协助调查此事。。在人类和人造人共存的世界—— 人造人少女 Ruge 与搭档 Naomi 一起,在火星上执行某项任务。 任务内容是,“消灭与政府敌对的9名人造人”。 人造人少女 Ruge 的战斗故事由此展开——。