第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。远古一部落首领在给双胞胎儿女庆满月时,来了一群怪兽,族人几乎被杀光,首领被杀死,一双儿女被其他人救出,在逃亡中失散。 首领的儿子被一得道老龟救回深山,与一只仙女化身的麒麟一起抚养。 一天龟元长老和麒麟无意中与当年的侍卫及首领的女儿在山谷中相遇,于是他们合力教阿布功夫。十年后,阿布的武功达到了登峰造极的地步,首领的女儿也长得美丽动人。 一日首领的女儿被魔兽怪的手下抓去。大家商量去救首领女儿除掉魔怪。但要除掉魔兽怪必须上天请求大帝许可。仙女宁愿牺牲自己的功力带着阿布上天,大帝为之感动,但要求除掉魔兽怪后,麒麟必须带剑回天庭。阿布和仙女经历千山万水到南海取回天地剑,最终除掉魔兽.。本作脚本出自青岛武和泷本智行之手,讲述了一同经历过年少时期的3位少年在度过25岁之时,因调查某件杀人事件而分别以刑警、嫌疑人和被害者再度相遇,追溯事件的真相以及内心深处封印的禁忌过去。而与三人有着千丝万缕联系的案件真相、一段讳莫如深的过往,也将在调查过程中逐渐浮出水面。 在片中,冈田准一饰演的四方笃为了逃避过去而成为了刑警,但因杀人事件为契机又直面了自己的过往,小栗旬饰演四方的旧友以及杀人事件中浮出水面的嫌疑人田所启太,柄本明将饰演田所的青梅竹马以及事件的被害者川端悟。长泽雅美饰演四方的妻子,田所的妻子由木村文乃饰演,西田尚美饰演川端的妻子。。