十年前,几乎毁灭世界的大灾难中,卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救,成为其养子。
十年后,士郎为履行与已故的养父之间的约定——成为“正义的伙伴”,而每日不停的进行魔术锻炼。
偶然的一天,士郎被卷入了称为“圣杯战争”的魔术师之间的对决。规则是一位魔术师与一位“英灵”结成契约。所谓“圣杯战争”,胜利者可以获得圣杯来实现任何愿望。于是,七位魔术师与七位“英灵”一起加入了这个为了创造奇迹的厮杀之中。
卫宫士郎深知,十年前的那场大灾难就是“圣杯战争”引起的,为了避免悲剧再次发生,他与自己的“英灵”Sabar一起,投身于这充满危险与艰辛的”圣杯战争”之中。。2013年,坊间突然流传一份未来的杀人事件表,上面所列人物几乎均已死亡。而现任东京帝国大学天才次元物理学教授沫岛黎士(木村拓哉 饰)及其在某IT公司工作的未婚妻麻阳(柴崎幸 饰)成为即将被猎杀的目标。黎士对此似乎早有心理准备,他通知麻阳早做防范,而自己却似乎未能跳脱历史“既定规律”,其名字最终出现在一家失事飞机的遇难者名单当中。正当麻阳沉浸在往昔美好的回忆之中悲痛欲绝的时候,一个与黎士一模一样的男人出现在他面前。该男子自称是代号ARXII-13的智能机器人,来自100年后的世界。他受神秘委托人差遣,确保麻阳不会被未来警察派出的智能杀手们杀害。
为了不引起混乱,ARXII-13伪装成生还的黎士与麻阳生活在一起。接下来的日子,手段残忍的智能杀手接二连三出现。幸福美好的天国,抑或是充满杀戮的修罗场,麻阳成为左右历史的关键人物……。