太空隧道在人工智能“星空”的操控下帮助着阳光城阳高速发展,然而突如其来的粒子风暴让“星空”脱离了人类控制。机甲怪物从隧道蜂拥而来,对地下不其城的“地球之源”发动攻击,动车人无意中帮助人类击退了机甲怪物的首次袭击。人类天才少年跳跳和郭文倩意识到机甲怪物是冲着地球之源而来。动车人决定和人类合作抗击共同的敌人外星怪物掠夺,以大复为队长的动车侠应运而生。在不断的冲突中,动车人不断地升级抵抗着掠夺的一次次袭击。掠夺吸收足够的地球之源化身成巨型堡垒发起最后决战,大复把自我情感移植到掠夺体内,掠夺体内的记忆被唤醒,并重新分离为亿万个量子个体。动车侠和人类取得最终的胜利。。城市在恢复平静后,大反派重新召集旧部卷土重来,并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球,忍者神龟李奥纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗琪罗与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔、弗农·芬威克,及面具义警凯西·琼斯并肩作战打击恶徒。在史莱德逃脱拘留后,他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合,发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时,他们发现自己正面临着一个力量强大且更加邪恶的大反派格朗,神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。。