化名法伊斯的杀手(Karra Elejalde 饰)在自己暂时打工的店里看到了一位少女,陷入了持续的恍然若失,老板对他散漫状态的指责让杀手勃然大怒,他打晕了老板,回到昏暗的住处,向女友透漏了自己的计划,原来少女是杀手十年前杀害的女画家的遗孤,当年血腥的场面让女孩精神失常,失去了言语的能力。杀手要消灭目击证人。
但是计划进行的并不顺利,杀手无法加害这位智障的美丽少女,反而对她产生了阴暗而无力的兴趣。女友无法忍受这一切,向曾经收容少女的康复中心提出了勒索,一位护士想靠一己之力解救少女,最后却被杀手杀害。
浓重的夜色中,三人躲进了一座荒废的教堂,等待他们的,是无法冲破的悲情绝路。。具有强大力量的电子生命体——像素霸主诞生了!他麾下的干部“天线博士”率先来到现实世界,召唤出不同的像素怪人,通过城市破坏来搜集经验值,让像素霸主能够降临世间,统治世界!
为了守护地球安全,迷你特工队使用全新装备“超次元召唤器”来对抗像素霸主!被称作“天才玩家”的人类男孩小凯,意外激活了超次元召唤器的真正力量!并且,凭借自身的强大能量和玩家经验,小凯能够为迷你特工队充能、提升战斗力,破解像素怪人作乱的招式,双方逐渐成为默契十足的搭档!
迷你特工队和小凯在嘻闹玩乐的日常生活、并肩作战的战场经历中,一步步成长为更加优秀的战士,也收获了更加深厚的友谊。他们共同努力着,终于粉碎了像素霸主征服世界的阴谋!。