在上一集中,爱丽丝救出了被冷冻的同伴们,众人在离开之际却被赶来的雇佣兵赶尽杀绝。T病毒使红皇后的程序发生了错误,变得残暴嗜血的她想要杀死最后的人类毁灭地球。唯一能够阻止红皇后的只有爱丽丝一人。而此刻,失去了能力的爱丽丝却被保护伞公司囚禁在位于海底的秘密基地中。威斯克通过病毒侵入了保护伞公司的系统,他放走了爱丽丝并告诉她,她是人类最后的希望,而为了拯救人类,他们必须冰释前嫌共同抵抗更强大的敌人。爱丽丝遇见了保护伞公司的前员工艾达·王,两人一路上奋勇杀敌结下了深厚的友谊。同时,爱丽丝旧日的战友们也组成了一个小分队,从外向内进行突围。
保护伞公司在海底建造了逼真的模拟城市,并使用克隆人作为T病毒的实验对象,为了抵达出口,爱丽丝一行人必须穿越东京、纽约、华盛顿和莫斯科四座城市,而每座城市中都有丧尸们在蠢蠢欲动。。讲述在“不问不说”的时代,无家可归的黑人男子埃利斯·弗伦奇加入了海军陆战队,他试图改变自己的生活,但为了在训练营中生存,他必须隐藏自己对训练教练的吸引力。。官房长官袭击事件两个月后,日本国会召开麻田总理(山本圭 饰)不信任案讨论会议。SP队员全员出动,负责政要的护卫工作。晴朗明媚的日子里,雄翔会的革命悄然展开。当伊达国雄(香川照之 饰)坐在会场内观赏眼前的政治闹剧时,尾形总一郎(堤真一 饰)率领其他部门的SP成员有条不紊地控制并隔离了国会,之后闯进会场,透过摄像机现场直播他们史无前例的革命。会场中,尾形谴责政客腐败的行径,其矛头渐渐指向仇人麻田总理,而伊达也离自己的野望更近了一步。
另一方面,井上薰(岡田准一 饰)和四系的同伴事先已被尾形支到另一地方。当得知SP的叛乱时,他们决定以一己之力维护SP的荣誉……。