保罗·克里伯格,一家全球头号香水公司的老板,他的职业实际就是征服女性。尽管儿子亚历山大是个花花公子,总惹麻烦,保罗仍十分欣赏儿子发明香水的天赋。不久,他开始注意到另一个天才,年仅十一岁的小学生乔诺奇,天生具有异于常人的嗅觉。保罗试图收买乔诺奇的母亲托尼,将孩子让给他。托尼拒绝卖掉儿子,但是允许乔诺奇跟着亚历山大学制香水。殊不知亚历山大对乔诺奇严厉而又独立的离婚母亲产生了好感。亚历山大与乔诺奇,合作研制出了新品香水“爱之香气”,同时托尼也对亚历山大日久生情。但是很快他们刚刚萌芽的感情就遭到了重大考验。一场阴谋正在酝酿,有人试图召开青少年法庭,将乔诺奇判给他一无是处的父亲。于是托尼计划绑架自己的儿子,以生命做赌注,同时也押上了亚历山大打算献给她的“爱之香气”…。1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...。