朝颜、真也、长女亚美、次女里美一家四口人的生活开始了。长大的亚美有时会说一些叛逆的话,让真也有些寂寞,但充满爱的幸福日子仍在继续。就在这时,溺死的尸体被发现。虽然也发现了遗书,被认为是自杀,但解剖发现溺死有几点可疑之处,他杀的可能性浮出水面。另外,相继发现疑似触电死亡的遗体,解剖结果表明两起事件有所关联。拼命搜查的真也,与山仓和森本等重案组的成员一起,逐渐接近前方的大事件。与此同时,亚美说“感觉看到了爷爷”,开始说起不应该在附近的平的不可思议的事情…。曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争。那场战争终结后过了大约300年。
地球圈失去了至今为止的统治机构,在新的支配体系下,新世界被构筑起来。一时的和平到来,与此同时,远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。
主人公——少年三日月·奥古斯,从所属的民间警备公司克律塞安保公司(下称CGS)那里,接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但,CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击,于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖,奥尔加·伊兹卡认为这是个机会,并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击退加拉尔霍恩的三日月,利用被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯,向敌军发起挑战。。