物語は13歳の少年・正樹が殺された事件から始まる。死体は町の中心にある橋の下に無残に捨てられ、小さな町はたちまち不安と恐怖に包まれた。正樹の同級生である春・晃・朔・直哉は、犯人は正樹がよく遊びに行っていた怪しい老人・おんさんに違いないと家に押しかけ、揉み合いの末、1人がおんさんを殺してしまう。そして彼はおんさんの家に火を放ち、事件は幕を閉じた。22年の時が過ぎ、刑事になった晃は父の死をきっかけに帰郷。春・晃・朔は再会するが、同じ場所で少年の死体が発見され、それぞれが心の奥にしまっていた事件の扉が開き始める。。省吾達の帰還から数百年が経った時代。人々はコンピューターシステムに支配された街「エデンシティ」で暮らしていた。それは、かつての人類の過ちを繰り返さない為に取られた手段だった。しかし、その支配を嫌ったレジスタンスによる反攻作戦が開始される。 そして明らかになった支配者ウォン・ダイの正体は、あの矢作省吾だった。地球に帰還した際、彼を7Gのオペレーターと認めなかったクリエーター達は、バーチャルではなく人間であるオリジナル・イヴと彼との接触を恐れ、システムの操り人形ウォン・ダイと化してしまったのだった。 省吾はその支配から開放された直後、後を本作の主人公であるエイジ・タカナカに託して死んでしまう。それを知ったイヴは単身、A.D.A.M.へ向かう。人々を救う為……。。