省吾達の帰還から数百年が経った時代。人々はコンピューターシステムに支配された街「エデンシティ」で暮らしていた。それは、かつての人類の過ちを繰り返さない為に取られた手段だった。しかし、その支配を嫌ったレジスタンスによる反攻作戦が開始される。 そして明らかになった支配者ウォン・ダイの正体は、あの矢作省吾だった。地球に帰還した際、彼を7Gのオペレーターと認めなかったクリエーター達は、バーチャルではなく人間であるオリジナル・イヴと彼との接触を恐れ、システムの操り人形ウォン・ダイと化してしまったのだった。 省吾はその支配から開放された直後、後を本作の主人公であるエイジ・タカナカに託して死んでしまう。それを知ったイヴは単身、A.D.A.M.へ向かう。人々を救う為……。。在CIA和DGSE的追捕下,"粗人"逃到莫斯科,被迫与俄罗斯情报部门进行合作。在巴黎,DGSE的新任内安部长JJA严密注视着传奇办公室的行动。在成为新任传奇办公室主任后,Marie-Jeanne将一名间谍派往莫斯科并潜伏在俄黑客中。DGSE的年轻极客César也将前往俄罗斯--网络战的新战场。 与此同时,在经历了伊斯兰国的挫败后,为搜寻最危险的法国圣战徒,叙利亚分析员Jonas即将前往废墟之上的中东...。因突变而产生操作火焰的变种人“燃烧者”,让半个世界被大火烧成焦土,陷入前所未见的惨状。在那之后的30年,当中一群激进份子“疯狂燃烧者”再次对世界发动攻击。为了镇压他们引发的火灾,普罗米波利斯自治共和国司政官古雷,组织了针对“燃烧者”而设置的高机动救命消防队“烈焰救火队”。效命于“烈焰救火队”,并拥有灭火之魂的消防队新人加洛,碰上了被通缉中的纵火恐怖份子,“疯狂燃烧者”的首领里欧,两人发生了激烈的冲突,当两个炙热灵魂彼此冲撞,这场对决将走向什么结局?。