自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。。讲述Elida由年幼女王成为了流浪宇宙的孤儿,然而尽管共和国政府一直想把她杀死以灭绝王族血统,她仍然边清理宇宙各种危险角落,边早一步逃之夭夭。但当她旧友Issac出现并声称女主母亲Xevelyn其实还在生时,他们带上新盟友Amae回到旧王国,共同对抗儿时起已想致Elida于死地的Lazaro指挥官。。