在参拜母亲坟墓的回程途中,真嗣(绪方惠美 配音)和葛城美里(三石琴乃 配音)遭遇了第七使徒的攻击,关键时刻2号机势如破竹挫败对手,真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾(宫村优子 配音)。与沉默寡言的绫波丽(林原惠美 配音)不同,明日香自信张扬,甚至有些自大,在和真嗣相处的日子里,彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机,抵抗了第八使徒猛烈的攻击,在这一过程中,淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后,第九、十使徒相继降临,真嗣他们面临着生与死的残酷考验……。刑警队一日接到全市最大商场统一百货报案,声称有人敲诈该公司老总陈金堂,并以炸毁百货大楼相要挟。刑警队长程东带领的重案组紧急出动,调查这一起带有黑社会性质的敲诈案,在苦无线索之际,竟发现该案与盲女绑架案、市长助理被杀案、高速公路收费员被杀案有丝丝缕缕的关系,而且犯罪分子手法干净利落、手段残忍,种种迹象表明有一个黑社会集团在周密地操控着一切,当重案组历尽艰辛调查案件,并快要接近事情真相时,队长程东因涉嫌奸杀三陪小姐而身陷牢狱,令刑侦局长也被勒令休假,此时人性受到考验,善恶是否分明、黑白之分是否绝对。。