在参拜母亲坟墓的回程途中,真嗣(绪方惠美 配音)和葛城美里(三石琴乃 配音)遭遇了第七使徒的攻击,关键时刻2号机势如破竹挫败对手,真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾(宫村优子 配音)。与沉默寡言的绫波丽(林原惠美 配音)不同,明日香自信张扬,甚至有些自大,在和真嗣相处的日子里,彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机,抵抗了第八使徒猛烈的攻击,在这一过程中,淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后,第九、十使徒相继降临,真嗣他们面临着生与死的残酷考验……。十年动乱,名们之后朱嘉欣某晚被公社书记的儿子强奸,深爱着朱嘉欣的乔大龙闻讯奋力追赶色狼,却因朱嘉欣的伪证而锒铛入狱。 十年后,乔大龙终于重见天日,却发现家已被以费小火为首的几个小流氓占据,而费小火正是当年朱嘉欣被强奸后生下的儿子,此时, 朱嘉欣也早以为刑警大队长杨刚的妻子。一身冤屈的乔大龙为查明真相而做了卧底,在他们三人之间产生了一段剪不断理还乱的故事……。