《八重之樱》讲述了会津藩的炮术师傅山本谦八和佐久夫妻之女新岛八重一生87年间发生的事。新岛八重(绫濑遥饰)出生于会津藩士家中,在戊辰战争中和五百名女子一起固守会津的鹤城,到明治年间嫁给襄,作为基督教传教士传道,积极从事教育活动,是个顽固的女人,在那个男尊女卑的时代称得上是女中豪杰,被称为是幕末时代的贞德。之后,在侵华战争、日俄战争中,八重又和会津的伙伴一起作为日本第一批护士共赴战场,因此又获得“日本的南丁格尔”这一美名。。在未知生命体全部被消灭后的两年,人类迎来了短暂的和平。但海滩上突然出现的神秘欧帕兹,打破了这一和平。城市中再度出现了人类离奇死亡的案件,这次残杀人们的凶手是新的敌人——不明物体。它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量,就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法。
失去记忆的开朗少年津上翔一,暂住在美杉教授家中,与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。但隐藏在翔一天真笑容背后的,其实是神秘的英雄——假面骑士亚极陀。每当不明物体出现残杀人类时,他便会受到感应前去消灭它们。
愈发强大的不明物体、津上翔一过去的记忆以及从欧帕兹中诞生的神秘黑衣少年,它们之间有着什么样的联系呢?一切的真相又是什么?。