1992年,一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员,他们要求直接与日本首脑对话,敦促日本尽快消灭哥斯拉,防止重蹈未来亡国的命运。
专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎(丰原功补 饰)在未来写过《哥斯拉诞生》一书,其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载,未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典(佐佐木胜彦 饰)以及国家超科学研究中心成员三枝未希(小高惠美 饰)乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛,试图将哥斯拉传送到别的地方。
寺泽他们的行动取得成功,但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王。种种诡异事件的背后,可怕的危机遽然降临……。立花明海的单调生活里,唯一的慰藉就是阅读。自从他的女友在海边意外丧生后他就不与他人来往。明海因一本二手书而认识了茜。她告诉明海,那是因为她在心里戴上了一副闪闪发光的眼镜,让她看到的东西都闪闪发亮了起来。然而互相吸引的两人在多次出游聊天后,明海才知道茜有一个卧病在床的男友……。