2009年4月~6月に放送された人気TVアニメの完結編となる劇場版2部作の第1部。監督は「攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX」の神山健治。2011年2月19日、日本を襲った60発のミサイル攻撃を誰にも知られることなく阻止した滝沢朗は、その半年後、こつ然と姿を消す。彼を見守ってきた森美咲は、滝沢が残した謎の携帯電話「ノブレス携帯」にあった情報から、滝沢がいると思われるニューヨークへ向かうが……。。在一间丛林实验室,X基因集团准备治疗皮特身上的变异病症,结果遭遇变异怪兽的袭击,实验室的所有人不幸遇难。皮特趁乱逃离,但救命血清遗落在了实验室。
郭远超和曹心怡正筹备结婚,在获知队友皮特遭遇后,果断决定放弃婚礼,跟随X集团的周教授一同冒险进入丛林寻找血清。丛林内,他们不断遭到奇异植物和变种怪兽的猎杀,队伍成员接连遇害。经过一番惊险搏杀,郭远超率队击退了怪兽,找到了血清,同时,揭露了一场危险的基因改造计划。
基因改造计划危害重重,郭远超与X集团的玛莎展开了决斗,并最终炸毁了诱发基因实验的陨石磁场。。