阳光明媚的一天,东都体育场正进行一场精彩的足球比赛,江户川柯南、灰原哀、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边,侦探事务所内的名侦探毛利小五郎却接到一通恐怖袭击的电话。这不是游戏或虚张声势,像是在挑衅毛利小五郎一般,路上的汽车在眼前爆炸。阻止犯人犯案的方法只有一个,那就是解读犯人留下的神秘暗号!
经过一番努力,毛利兰终于拜托工藤新一解开了犯人留下的暗语,成功拯救了无数人的生命。在此之后,警方和毛利小五郎一起锁定了数名嫌疑人,嫌疑人是足球选手、俱乐部老板、媒体人,他们都是和足球界有很深关联的人。与此同时,躲在暗处的犯人继续策划新一轮的袭击,前所未有的大挑战、争分夺秒的对决、裹挟着无数怨恨的袭击强势袭来!。影片讲述了一位常年运输精神病的司机马小军在一次运输过程中,不慎将精神病人丢失在自己情人的店外,无计可施又怕承担责任的马小军与小凤萌生了一个偷天换日的想法——把小凤的客人充当精神病人送去医院。没想到的是,接下来到店里的客人都是行为古怪的人,马小军和小凤使出浑身解数,凑齐了逃走精神病人的数量,两人正准备离开的时候同屋的小仙发现了两人的阴谋,小仙受到惊吓,跑出了店,马小军和小凤发现后,害怕身份暴露,到处寻找小仙,此时,在车内饱受折磨的老六挣脱了绳索,找到了正在收拾东西准备离开的小凤。马小军赶回时,发现运输车又是空空,急忙跑回发廊去找小凤,却发现小凤被人绑在了房间里……。某天深夜,博爱医院的内科医生辛玉廷和画匠老方救下一名被日本宪兵队追捕的伤员后,另一名医生周益向外挂了一通神秘电话。不久,日本宪兵队特高课青木收到号称“帝国军人眼睛”的“四十五号”提供的情报,下令搜查博爱医院,翻译官丁彦首当其冲搜查时,扑了空。
“四十五号”现身日本宪兵队,称周益就是要找的新四军的买药人,原来他是……知晓药品交易的时间和地点后,青木再派丁彦出发,殊不知丁彦同“四十五号”的身份并无差别。。