年轻女孩陈晓娜与弟弟相依为命,且为了躲避仇人四处漂泊。姐弟二人搬到新公寓的当天,陈晓娜意外撞见一起疑似绑架案,胆小怕事的她不敢声张,但几天后出现了一个姓陶的年轻人,似乎正在调查此案。
陈晓娜不愿惹麻烦,可她发现公寓里邻居们的行为举止很奇怪,小陶反而是其中唯一正常的人。之后公寓里又发生了很多怪事,陈晓娜的弟弟失踪,绑架案的凶手似乎也盯上了陈晓娜。就在陈晓娜情绪快要崩溃时,陶医生通过引导,使陈晓娜逐渐发现自己身处一个虚假的世界,而所有的设计是为了治疗她的多重人格障碍。
陶医生利用一种可以连接意识层面的仪器,将陈晓娜的多重人格引入他搭建的精神世界,终于找出了陈晓娜发病的深层原因,帮助她战胜了内心的恐惧,打败了病魔。。2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。主角成思罕以侦探推理科学方式破案而解开常人不能理解之谜。说明以科学大胆假设,小心求证是对付无知和迷信的克星。 共分十个小故事,每个故事两集。。