Maise与男友高桥裕二相恋多时,高桥却在结婚当天突然失踪了。Maise决定前往东京寻找高桥,同时装修师父毕大勇为了追逃Maise欠下的装修费用,便决定跟着她前往东京。互相不信任的二人到了高桥在东京的家,遇到了一直跟踪高桥的私家侦探林贵仁,原来高桥与黑帮伊藤的妻子有奸情,于是失踪了。三人最后联手起来,决定一定要找到失踪的高桥,与黑帮抗争。随着追踪的层层深入,Maise也知道了高桥、毕大勇还有林贵仁的真实身份。。从地方的大学医学部毕业后来到东京,在东京都内综合医院的外科实习的研修医雨野隆治(白滨亚岚饰),等待他的是什么也不会,什么也不懂,每天都被前辈医生和上司训斥。但是,患者却迫不及待地蜂拥而至。虽说是医生,但研修医还没有知识,没有经验,还什么都不是。面对受伤的患者和有时无法拯救的患者,面对无能为力的现实,他被打击、纠结,几度落泪,但始终没有失去对“医生”这一职业的强烈愿望和热情。 (猪猪字幕组翻译)。2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。