美国政府制造了一架名为Switchblade的战斗机原型机,在这架原型机上,政府倾注了全部的财力和精力,它的价值可谓是无法度量。然而,就是这样一架异常重要的原型机,它竟然被偷走了,而美国的顶尖间谍亚里克斯(欧文·威尔逊 Owen Wilson 饰)立刻就奉命上任,追踪原型机的下落,让他没有想到的是,和自己搭档的,居然是一位对谍报工作毫无经验的拳击冠军——凯利(艾迪·墨菲 Eddie Murphy 饰)。 很快,两人就将调查的目标锁定在了一位名叫阿诺德(马尔科姆·麦克道威尔 Malcolm McDowell 饰)的军火商的身上,然而,截止至此,他们只是迈出了整个行动中最简单的一步而已。。某天,毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信,信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作,依据毛利小五郎的推理,基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天,毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧,在剧场里错综复杂的人群中,基德到底会假扮成谁出现在大家面前,在紧张的埋伏等候中,出现在大家面前的竟然是工藤新一,柯南一方面必须保护宝石,另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一,因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一,一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前,柯南发现假的工藤新一不见了,随即追上,但却在一片混乱之中让基德逃脱了。不过,“命运的宝石”终究是保护住了,牧树里为了表示感谢,邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假,同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱时,一幕精心设计的杀人剧就在大家面前上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中,又要解开发生在飞机上的密室杀人事件,到底柯南要怎么行动呢?。