泰迪(吉恩·怀尔德 Gene Wilder 饰)经营着一家广告公司,生意十分的红火。泰迪拥有一位美丽的太太和一个可爱的小女儿,几乎可以算得上是模范中产阶级。然而一次偶然中,泰迪在停车场邂逅了一位名叫夏洛特(凯莉·勒布洛克 Kelly LeBrock 饰)的年轻女子,这匆匆的一瞥竟然让泰迪丢了魂。 令泰迪没有想到的是,不久之后,他竟然在自己的办公室与夏洛特重逢了。原来,夏洛特是一名模特,要和自己的公司合作拍摄一支广告。这场重逢令泰迪本就蠢蠢欲动的心再也按捺不住了,他对夏洛特展开了火热的攻势。公司里的职员们看到老板意乱情迷,自然都纷纷“拔刀相助”。。2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。朝比奈曾是一名警察,身手不凡,行事谨慎,但在某个事件中受挫,不得不离开警局,自此从事警卫工作。某日,朝比奈被分配到难度係数最高也最危险的“4号警卫”任务,而石丸被指定做他的搭档。石丸曾是经营公司,谨慎的毛病延续到警卫工作中,被人称作“胆小鬼”。他们将保护各种要人:盲人、参加选举的妇女、黑社会老闆....。