テレビアニメや実写映画など様々なメディア展開で人気を集めてきた大和和紀原作の大ヒット少女コミック「はいからさんが通る」を新たなスタッフ&キャスト陣で映画化した劇場版アニメ2部作の後編。大正時代。女学生の花村紅緒は伊集院忍少尉と出会うが、彼が自分の許婚であることを知って反発する。やがて2人は許婚という関係を超えて惹かれ合うが、少尉は戦地で消息不明になってしまう。少尉の生存を諦めきれない紅緒の前に、少尉と瓜二つのロシアの亡命貴族サーシャ・ミハイロフが現われる。愛する人と同じ姿でありながら自分のことを全く知らないサーシャにショックを受ける紅緒を支えてくれたのは、彼女が働く出版社の編集長・青江冬星だった。そんな中、驚くべき事実が次々と明らかになり、彼らは歴史的大事件に巻き込まれていく。。一天午后,袁氏家族的女主人接到了警方的电话,12年前被绑架撕票的小女儿阿樱,竟然还活着……
12年前,年少的阿樱和姐姐争吵后,在洛杉矶的家中意外失踪。报警后不久,便传来阿樱被撕票的噩耗,袁家也决意离开伤心之地,举家搬回香港。阿樱失踪带来的伤痛和自责渐渐被时间抚平,一家人的生活逐渐归于平淡。阿樱的意外获救,让家人惊喜的同时,也让这家人的生活再起波澜。家里接二连三的发生命案,让姐姐渐渐对阿樱产生了怀疑……。