俄罗斯在沉没了的核动力潜水艇内发现储存在弹药库内的数十枚核导弹不翼而飞,而美国中情局的卫星图片却发现在中美洲的小国里藏有俄国所失的核导弹,清除之下仍然有数枚核弹没有踪影,根据可靠消息核导弹的导向晶片流传到亚洲的香港,将会交到恐怖大亨的手中,世界便会大乱。中情局的特工以国际刑警身份,在香港对绰号犹大的亚洲裔恐怖份子进行追捕,可是却碰上了香港的铁铲神探姜国柱,他错误估计恐怖份子的能力,虽然把疑犯克蓝马擒获,但是导至同胞死伤,内疚之余,却亲眼目击太太许丽华被软性毒品毒害,失控坠楼而亡,加上被上司停职,连串的打击令国柱失去了做人的乐趣,他决定开煤气自杀,在危险关头,他ICQ的好友草蜢仔来电,把寻死的国柱从死神的手中救了回来。。就快放暑假了,小学生上原康一在放学回家的路上捡到一块大石头。他把石头带回了家,没想到用水一洗,里面竟跳出一只小河童来。小河童对他“咕”的叫了一声,于是康一就给它取名为“小咕”。
小咕会说人类的语言,几百年来他一直被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好朋友,他们一起洗澡,一起吃饭,一起睡觉。而其它家庭成员也接受了小咕,小河童成了上原一家的秘密。
一天,小咕提出想回家和伙伴们在一起。康一为了让小咕了解外面的世界,悄悄把它带了出去。小咕发现环境已经面目全非,大吃了一惊,这个不适合就河童生存的地方根本就找不到伙伴。看到小咕难过,康一也不好受。他和小咕一起外出旅行,来到了还保存着河童传说的远野县。两人在美丽的大自然中找到了适合河童生活的地方,小咕愉快地在清澈的河里游了起来,康一也为它高兴。可是,在这里也怎么都找不到其它河童。康一听到村民们说“抓住一只河童能得一千万呢!”,赶忙带着小咕离开了那里。
回到家,康一讶异地撞见了一个小报记者。原来那人听说上原家养着一只河童,一定要拍照。小咕的秘密终于被大家知道了。康一的爸爸被公司勒令一定要让河童上电视。为了上原一家,小咕答应参加电视节目。然而在到场嘉宾里,它看到了一个长得很像杀父凶手的人。就在小咕被恐惧包围的时候,电视节目现场发生了意外。它拼命逃到了外面,然而无论跑到哪里都会看到黑压压的人群。
为了摆脱让它害怕的人类,小咕爬上了东京塔。夏季的烈日照得它精疲力竭。小咕俯瞰着城市,独自低语道:“哪里都找不到一个安静的地方,这里是人类的窝。我已经不行了。我要去爸爸那里……”。